申请资质认证的单位对照《计算机信息系统集成资质等级评定条件（修定版）》，确定申请的资质级别，并按以下程序办理：
1.申请单位委托资质认证机构认证评审
申请单位填写信息产业部计算机信息系统集成资质认证工作办公室统一制定的《计算机信息系统集成资质申报表》,向资质认证机构提交委托评审材料，由资质认证机构进行认证和核查。其中，申请一、二级资质的申请单位，应向信息产业部认可的一、二级资质认证机构提出资质认证委托申请，目前信息产业部认可的一、二级认证机构有：中国软件评测中心（地址：北京市海淀区紫竹院路66号赛迪大厦3/12/13层；联系电话：(010)88559218）、赛宝认证中心（地址： 广州市天河区东莞庄路110号；联系电话：020-87236606转）；申请三、四级资质的申请单位，向本省信息产业主管部门认可的资质认证机构提出资质认证委托申请，本省三、四级认证机构有：浙江省信息化推进服务中心(地址：杭州市中山北路631号晶晖商务大厦22层, 联系电话:0571-85800770转212）。
2.申请单位提交资质申报材料
通过认证机构评审的申请单位将《计算机信息系统集成资质申报表》，连同认证机构出具的《计算机信息系统集成资质认证报告》，一并提交到申请单位所在省信息产业主管部门。
3.资质认证工作办公室综合
省信息产业主管部门计算机信息系统集成资质认证工作办公室将申请单位上报的材料进行调查、登录、综合。
4.资质认证专家委员会评审
组织有关专家对申请单位的资质进行评审。其中，一、二级资质由信息产业部计算机信息系统集成资质认证工作办公室组织资质认证专家委员会进行评审，三、四级资质由省信息产业主管部门组织资质认证专家委员会进行评审。
5.资质认证管委会审核
省信息产业主管部门组织资质认证管委会，对申请单位提交的资质申报材料、资质认证工作报告、专家委员会的评审意见等进行综合审查，作出决定，并签署审查意见。
6.报送信息产业部审批
对通过省信息产业主管部门审核的，报送信息产业部计算机信息系统集成资质认证工作办公室。